ضدعفونی‌کننده‌ها را می‌توان به طور کلی به دو دسته‌ی اکسیدکننده‌ها oxidising agents و غیراکسیدکننده‌ها non-oxidising agents تقسیم کرد.
در این دسته‌بندی، اولین دسته تخریب‌کننده‌ها یا destroyers بوده و دومین دسته منعقدکننده‌ها یا coagulators هستند. اکسیدکننده‌ها ممکن است هالوژن‌هایی همچون سدیم هایپوکلریت، ید یا پراکساید باشند. اکسیدکننده‌ها عمل ضدعفونی را به سه شکل انجام می‌دهند: تخریب DNA یا RNA، تخریب پروتئین‌ها یا آمینواسیدها، تخریب لیپیدها.
زمانی که هیدروژن پراکسید یا همان آب اکسیژنه الکترون دریافت می‌کند، رادیکال‌های هیدروکسیل ایجاد می‌شود. این رادیکال‌ها مستقیما بخش‌های از رشته‌های DNA یا RNA را تخریب می‌کند. از سوی دیگر، زمانی که یک اکسیدکننده بر روی یک پیوند پپتیدی عمل کرده و یک الکترون دریافت می‌کند، پیوند می‌شکند. در نتیجه ساختار آنزیم‌ها، پروتئین‌ها و آمینواسیدها تغییر شکل می‌دهد یا به اصطلاح دفرمه شده و در نتیجه خاصیت خود را از دست داده و از بین می‌رود.
شکل دیگری که اکسیدکننده‌ها باعث از بین رفتن سلول‌ها می‌شود، تخریب لیپیدهاست.
لیپیدها بخش مهمی از ساختار دیواره و غشای سلولی را تشکیل می‌دهند. اکسیدکنند‌ها با شکستن پیوندها و دریافت الکترون، لیپیدها را به اسیدهای چرب کوچک‌تر می‌شکنند. اکسیدکننده‌ها به خصوص اسیدهای چرب غیراشباع را تخریب می‌کنند. در نتیجه‌ی تخریب لیپیدها، دیواره‌ی سلولی و غشای سلولی انعطاف پذیری خود را از دست می‌دهند و در نهایت تخریب شده و محتویات سلول خارج می‌شود.