امروزه بر روی هر حوزه‌‌ی صنعتی که دست می‌گذاریم، گروه‌های تحقیقاتی متعددی را می‌یابیم که سعی دارند فرآیندها را بر پایه‌ی میکروارگانیزم‌ها توسعه دهند.
در سال‌های اخیر، کاربردهای بیوتکنولوژی محدود به پزشکی و داروسازی باقی نمانده است و وارد بخش‌هایی همچون صنایع غذایی و حتی تولید سوخت‌های زیستی شده است. بیوتکنولوژی تنها یافتن میکروارگانیزم‌هایی که یک فرآیند خاص را پیش می‌برند، نیست، بلکه امروزه دانشمندان با تغییر کدهای ژنتیکی یک سلول زنده، ویژگی‌های جدیدی به آن سلول می‌دهند که آن میکرارگانیزم، در مسیر خاصی پیش برود و منجر به تولید محصول مورد نظر شود. بیوتکنولوژی به طور کلی مجموعه‌ی تکنولوژی‌هایی‌ست که از ارگانیزم‌های زنده یا قسمتی از آن‌ها، برای تولید محصولات مختلف استفاده می‌کند. از جمله این محصولات می‌توان از انواع داروها، مواد غذایی، مواد شیمیایی، مواد سازگار با محیط زیست و سوخت‌های زیستی نام برد. همچنین می‌توان از بیوتکنولوژی، برای تجزیه‌ی مواد شیمیایی و عوامل سمی و مضر در طبیعت، استفاده کرد و بدین شکل از محیط زیست محافظت نمود.
با اصلاح ژنتیکی محصولات کشاورزی، می‌توان تولیدات این بخش را افزایش داد و به نوعی امنیت غذایی جهان را تامین کرد. با استفاده از میکروارگانیسم‌ها می‌توان پساب‌های واحدهای صنعتی را برای تولید دیگر مواد شیمیایی استفاده نمود. به نظر می‌رسد از آنجایی که بیوتکنولوژی از ارگانیزم‌های زنده برای فرآیندها استفاده می‌کند، راه‌حل‌های پایدارتری برای تامین نیازهای ما ارائه دهد. اما در این زمینه مشکلات و خطراتی نیز وجود دارد. اینکه سرعت و بازدهی فرآیندهای مبتنی بر بیوتکنولوژی، در بسیاری موارد بسیار پایین‌تر از فرآیندهای با محصول مشابه اما غیربیولوژیکی است. از طرف دیگر، ارگانیزم‌های اصلاح شده‌ی ژنتیکی (Genetically Modified Organism یا به اختصار GMO) ممکن است برای انسان مشکل‌آفرین باشد.
زمانی که ژنوم یک میکروارگانیزم دستکاری می‌شود تا در نهایت منجر به تولید یک پروتئین خاص گردد، ممکن است محصول جانبی تولید شود که برای انسان یا محیط زیست خطرناک باشد.
البته سازمان‌های مسئول در سطح جهانی، پیوسته در حال بررسی این موضوعات و وضع قوانین جدید در این حوزه هستند و کنترل های زیادی روی این مسائل وجود دارد.