تعداد زیادی از ضدعفونی کننده‌ها حاوی هالوژن‌ها (halogen) به خصوص کلر (Cl) هستند.
اصطلاح هالوژن از دو بخش hal به معنای نمک و gen به معنای تولید کردن، تشکیل شده است. پس با توجه به نام‌ها می‌توان دریافت که هالوژن‌ها موادی هستند که تولید نمک می‌کنند. اصلی‌ترین هالوژن‌هایی که در ضدعفونی‌کننده‌ها به کار می‌رود، فلوئور (Fluorine)، کلر (Chlorine) و ید (Iodine) است. از آنجایی که هالوژن‌ها در لایه‌ی ظرفیت خود هفت الکترون دارند، می‌توانند تنها با گرفتن یک الکترون به آرایش پایدار هشت تایی برسند. هالوژن‌ها می‌توانند به راحتی این تک الکترون را از عناصر دیگر بگیرند، پس هالوژن‌ها به شدت اکسنده هستند.
راحت‌ترین عناصر برای هالوژن‌ها به منظور دریافت الکترون، عناصر گروه اول جدول تناوبی هستند که یک الکترون اضافی در لایه‌ی ظرفیت خود دارند. مثلا کلر (Cl) می‌تواند تک الکترون سدیم (Na) را دریافت کرده و نمک طعام یا همان NaCl را بسازند. علیرغم اینکه نمک طعام خطری ندارد و ما از آن در غذاهای خود استفاده می‌کنیم و از خوردن آن لذت می‌بریم، اما هالوژن‌ها به تنهایی چندان ایمن نیستند و به شدت اکسنده‌اند. به عنوان مثال اگر شخص بخت برگشته‌ای گاز کلر را استنشاق کند، تمام دهان و مجاری تنفسی او سریعا اکسید شده و از بین می‌رود. پس هالوژن‌ها گازهایی به شدت سمی هستند.
نخستین سلاح‌های شیمیایی مورد استفاده در جنگ‌ها نیز گاز کلر بود که توسط آلمان و فرانسه در خلال جنگ جهانی اول به طور گسترده مورد استفاده قرار گرفت. هالوژن‌ها اکسیدکننده‌های بسیار قوی هستند که پروتئین‌های سلولی، نوکلئیک اسید و دیواره و غشای سلولی میکروارگانیسم‌ها را به شدت تخریب کرده و میکروارگانسیم را از بین می‌برد. هالوژن‌ها بدین طریق دارای خاصیت ضدعفونی‌کنندگی قوی هستند و در اکثر ضدعفونی‌کننده‌ها به کار می‌روند.
تصویر بالا: دو سرباز در جنگ جهانی اول که به همراه چهارپایشان ماسک پوشیده‌اند و منتظر یک حمله‌ی شیمیایی هستند. در خلال جنگ جهانی اول حدود ۱/۳ میلیون نفر در اثر استفاده از سلاح‌های شیمیایی کشته شدند که از این تعداد، حدود ۲۶۰۰۰۰ نفر غیرنظامیان بودند.
تصویر زیر: دو سرباز آلمانی که در جریان یک نبرد در شمال آلمان به همراه سگ‌های خود ماسک پوشیده و منتظر یک حمله‌ی شیمیایی هستند.
